FreeBSD(98) 5.3 のインストールで気を付けたいこと
配布物のドキュメントをお読み頂ければ分かるのですが、FreeBSD/pc98 5.3-RELEASE も FreeBSD(98) 5.3R-Rev01 も、配布ファイルを格納するメディアとして、以下のものが利用できるはずです。（一部テスト不十分なのもありますが）。
・SCSI 接続の CD-ROM （CD-ROM 互換機能を有する光学ドライブ）
・IDE 接続の CD-ROM （上に同じ）
・NFS
・FTP
・DOS パーティション（ただし、NTFS のパーティションは利用できないようです）
SCSI 接続の DAT ドライブなども利用できそうですが、テストされた報告がありません。
（そういえば IPv6 でのテストも聞いたことがないです。余裕ができたらやってみます。）
配布物を CD-R 等に焼いてインストールに使用する場合、従来はディスクの容量さえ許せば i386版も pc98 版も１枚ですみましたが、5.0-RELEASE からは base.?? などの内容が異なりますので、別々のメディアを用意する必要があります。
NFS や ftp でインストールする際もパスに気を付けてください。できれば、公式 FTP サイトのファイルレイアウトと極力一致させておくことをお薦めします。
4.X と 5.X の違いについては、i386版とほぼ同様です。（例えばカーネルの場所が /kernel から /boot/kernel/kernel に変わった とか） まず i386版のドキュメントに目を通すことをお薦めします。
インストール方法は 4.x とほとんど同じですが、FreeBSD/pc98 では当然ながらインストーラ (/stand/sysinstall) は 英語で表示されますのでご了承ください。また、インストール方法などの日本語ドキュメントがまだ充分ではありません。このあたりも協力して頂ける方は FreeBSD98-doc ML で名乗りを挙げて頂けると結構かと思います。
なお、インストールフロッピーは i386版 は今まで通りなのですが、pc98 版では kernel.flp と kernel-small.flp が用意されています。kernel.flp は 1.44MB フォーマットのフロッピーに、kernel-small.flp は 1.2MB フォーマット(2HC)のフロッピーに入るように作られています。small の方には PCI 関係のデバイスが含まれないようです。mfsroot.flp も標準版と small 版があるので、kernel*.flp と同じサイズの物を使ってください。